Krajowy Instytut Rejestracji Zwierząt prowadzi aktywną współpracę z instytucjami naukowo-badawczymi oraz zarządzającymi z Unii Europejskiej, biorąc udział w licznych przedsięwzięciach badawczych i normalizacyjnych.
Instytut uczestniczy i koordynuje wiele projektów międzynarodowych. Celem tych działań jest dostosowanie polskiego systemu znakowania i rejestracji zwierząt do europejskich wymagań technologicznych, środowiskowych i społecznych.
Instytut bierze udział w pracach licznych organizacji międzynarodowych, m.in. European Pet Network (EUROPETNET). Eksperci Instytutu czynnie uczestniczą w pracach stowarzyszeń międzynarodowych oraz pełnią funkcje w zarządach organizacji społecznych.